RNAシーケンス - サンプルから知見へ

RNA抽出を完全に統合したエンドツーエンドのRNA-seqワークフロー。

すべての新規バイオインフォマティクス解析プロジェクトに、 NovoMagic Plus へのアクセスを無料で提供いたします。

研究室内のあらゆるサンプルには、解き明かされることを待つ情報が秘められています。ノボジーンが提供する統合型RNAワークフローで、その情報を明らかにしましょう。ヒト、動物組織、細胞ペレット、血液、植物サンプルにおける高品質なRNA抽出から、NovoMagic Plus上でのバイオインフォマティクス解析まで、ノボジーンのパイプラインは各ステップを明確かつ確実に繋ぎます。

お客様は発見に集中してください。ノボジーンは技術的実行、実験設計、下流の解析をサポートし、前進可能な結果をお届けします。

RNA抽出の価格とサンプルタイプ

RNA抽出はRNA-seq最適化プロトコルで実施し、一貫した品質と信頼性の高い下流への解析を保証します。

*RNA抽出はシンガポールラボにて実施します。

専門的な実験設計ガイダンス

サンプル調製や価格設定以上に、実験設計はRNA-seq結果の品質と解釈可能性を決定する重要な役割を担います。堅牢な変動発現解析において、生物学的繰り返し実験は、シーケンスデプス単独よりも統計的検出力に大きな影響を与えます。

ノボジーンでは、ゲノムサイズに応じた適切なシーケンスデプス（大型ゲノムの場合、通常はサンプルあたり3000万～5000万リード）と組み合わせ、少なくとも6の生物学的リプリケートを推奨しています。このバランスを保ったアプローチは、統計的信頼性を維持しつつ真の変動発現遺伝子の検出精度を向上させます。

これらの推奨事項を研究に適用する方法が不明な場合、以下のガイドを出発点としてご利用ください。

*6つの生物学的リプリケートが確保できない場合は、最少3つの生物学的リプリケートを推奨します。

プロジェクト固有のアドバイスについては当社チームにご相談ください。

これらの推奨事項はガイドラインであり、研究目的やサンプル入手状況に応じて調整が必要です。

参照文献

Illumina. (2023). Considerations for RNA Seq Read Length and Coverage - Illumina Knowledge.Illumina.com.

https://knowledge.illumina.com/library-preparation/rna-library-prep/library-preparation-rna-library-prep-reference_material-list/000001243

Khetani, M. P., Meeta Mistry, Radhika. (2019, June 20). Experimental design considerations. Introduction to RNA-Seq Using High-Performance Computing - ARCHIVED.

https://hbctraining.github.io/Intro-to-rnaseq-hpc-salmon/lessons/experimental_planning_considerations.html

Lamarre, S., Frasse, P., Zouine, M., Labourdette, D., Sainderichin, E., Hu, G., Le Berre-Anton, V., Bouzayen, M., & Maza, E. (2018). Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size. Frontiers in plant science, 9, 108.

https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00108

Liu, Y., Zhou, J., & White, K. P. (2014). RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication?. Bioinformatics (Oxford, England), 30(3), 301–304.

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt688

Robles, J. A., Qureshi, S. E., Stephen, S. J., Wilson, S. R., Burden, C. J., & Taylor, J. M. (2012). Efficient experimental design and analysis strategies for the detection of differential expression using RNA-Sequencing. BMC genomics, 13, 484.

https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-484

Schurch, N. J., Schofield, P., Gierliński, M., Cole, C., Sherstnev, A., Singh, V., Wrobel, N., Gharbi, K., Simpson, G. G., Owen-Hughes, T., Blaxter, M., & Barton, G. J. (2016). How many biological replicates are needed in an RNA-seq experiment and which differential expression tool should you use?. RNA (New York, N.Y.), 22(6), 839–851.

https://doi.org/10.1261/rna.053959.115

NovoMagic Plusによるバイオインフォマティクスサポート

NovoMagic Plusは、RNA-seqデータを生物学的知見へと変換し、単一のプラットフォーム内で結果を視覚化、カスタマイズ、再解析することを可能にします。ユーザーはレポートをカスタマイズし、発現レベルが異なる遺伝子を特定し、生物学的解釈をサポートする機能的知見を探求することができます。

可視化解析の例：

遺伝子発現分布

KEGGエンリッチメント解析

GOエンリッチメント解析

変動遺伝子発現 (DEG) ボルケーノプロット

真核生物mRNA-seqプロジェクト（ヒト、植物、動物）向けに構築された本プラットフォームは、Gene Ontology、KEGG、STRINGなどの確立されたリソースを統合し、信頼性の高い論文化可能な解析をサポートします。

NovoMagic Plusを用いた結果解釈やカスタム解析ワークフローについて、当社チームが支援いたします。

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透明性が高く追跡可能なサンプルの旅

サンプル受領からライブラリ調製、シーケンシング、データ納品まで、各段階を明確に可視化しながらプロジェクトを追跡できます。

プロジェクトのサポート体制：

ワークフローの全工程が、運用システム内で完全に追跡可能であり、透明性と一貫した品質管理を保証します。
カスタマーサービスシステム（CSS）を通じて、リアルタイムのサンプル状況とプロジェクト進捗を随時確認可能。プロジェクト管理をシンプルかつ容易にします。
NovoMagic Plusへの統合アクセスにより、データ納品後すぐに下流のバイオインフォマティクス解析を開始できます。

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ノボジーンについて

ノボジーンは、最先端の分子生物学技術とハイパフォーマンスコンピューティングを、ライフサイエンスとヒューマンヘルスの分野の研究に応用するパイオニアです。私たちのビジョンは、ゲノミクスサービスとソリューションの提供において、グローバルリーダーであり続けることです。世界最大級のシーケンス能力を擁し、深い科学的知識、一流のカスタマーサービス、卓越したデータ品質を駆使して、急速に進化するゲノミクスの世界でお客様の研究目標を実現するお手伝いをします。ノボジーンは、お客様の信頼できるゲノミクスパートナーとなることをお約束します。

ノボジーン株式会社について

ノボジーン株式会社は、2020年から東京配送センターを整備し、ヘルスケアや農業を含む多様な分野の研究者が研究目標を実現できるよう、高品質で迅速かつ費用対効果の高いオミクスソリューションを提供してきました。2024年からは、多様なニーズに迅速にお応えできるよう、日本国内にもラボを構えました。世界最大級のシーケンス解析能力を有するノボジーンの一員として、急速に進化するゲノミクスの世界で研究者の皆様に貢献し続けます。

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